日本科学界加速了对 干细胞的研究 ，同时在 法理层面对干细胞的研究该如何做出评判的问题上，政府综合科学技术会议通过召开生命伦理专业调查会等方式， 在相关方面的伦理问题上做了一些探讨。
2006年8月25日，京都大学再生医科学研究所教授山中伸弥等日本科学家在美国学术杂志上发表了论文，谈通过对老鼠进行实验，在导入胚性纤维芽细胞的4个因子（Oct3/4、Sox2、c-Myc、Klf4）后，制作出了具有分化多能性的人工多能性干细胞（iPS细胞：induced pluripotent stem cell）。
山中教授等人继续研究后，2007年研发出从人体皮肤中取出的细胞，来生成干细胞的技术，受到世界的注目。中国也正在积极进行干细胞方面的研究。2009年7月，中国科学院动物研究所等利用干细胞首次克隆出活鼠而证明了干细胞的万能性。
日本科学家继续在干细胞方面深入研究。东北大学出泽真理教授发现用山中教授发现的4个因子生成干细胞时，有些细胞能变成干细胞，但也有一些细胞 并不能达到预计的效果。出泽教授发现了能够最终生成干细胞的“MUSE细胞”，把肝细胞的研究向前推进了一步。
东京大学的宫岛笃教授则从iPS细胞中找到了可以降低血糖值、分泌胰岛素的脾岛组织。这让治疗糖尿病有了一个基础。
京都大学教授斋藤通纪等人从老鼠的iPS细胞及干细胞中制作出了精子，使用该精子成功地生育出了小老鼠，让“原始生殖细胞”的研究前进了一步。
东京都临床医学综合研究所主任研究员北岛健二，则通过iPS细胞制作出了“造血干细胞”，为今后治疗白血病提供了新的途径。
2011年2月1日，京都大学从美国企业那里无偿取得了制作iPS细胞方法的专利。该公司先后在英国美国申请了相关专利，但因为iPS细胞是山中伸弥教授在世界上第一个制作出来的，并已经在2008年取得了日本的专利，美国企业“艾匹里昂公司”将自己在欧洲美国，在中国、韩国申请的专利一并转让给了京都大学。科学界人士认为，这样一来京都大学在相关专利方面更具有优势地位。
在日本科学家致力于干细胞研究，不断取得新成果的时候，日本政府开始从伦理角度审视干细胞影响。生命伦理专门调查会在讨论是否允许从新型万能细胞（iPS细胞）及干细胞（ES细胞）中制作受精卵等问题。目前日本的相关委员会还在密切关注相关的研究动向。
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